Relatie tussen Japan en Israël is een beetje dubieus. Hoewel Japan tijdens de Tweede Wereldoorlog net als China beschouwd werd als een veilige toevluchtsoord voor Joden tijdens de Holocaust, waren zij wel een bondgenoot van Nazi-Duitsland.

En hoewel Japan tot in de jaren 90 voor de Arabische landen het makkelijkst te beïnvloeden was om Israël economisch te boycotten, noemde de meest vooraanstaande Japanse krant de VN-conferentie in Durban 'racistisch' en met als doel 'Israël en de Joden te straffen, ongeacht wat zij gedaan zouden hebben'.

Export tussen de landen bedragen onderling ongeveer 2 miljard dollar.
Israël was actief in de hulpverlening tijdens de aardbeving en tsunami in Minamisanriku, Miyagi Prefecture in 2011.